Programme provisoire
Mercredi 14 décembre
9h9h30 : Accueil
Session du matin, chairman Glenn Cougoulat (GRICAD)
9h30-13h15 : Session autour de l’évaluation des carrières
9h30-10h : Quelle valorisation académique pour les activités de maintenance de logiciels de recherche ? Perspectives d'un mainteneur de Coq en début de carrière.
Coq est un logiciel académique développé depuis les années 80. Son impact majeur pour la communauté des langages de programmation en particulier, et plus généralement en informatique, a été souligné par les deux prix ACM Sigplan Award et ACM System Award, délivrés en 2013 à 9 auteurs initiaux et contributeurs majeurs de ce logiciel. Pourtant, à cette date, plus de 40 personnes, dont de nombreux thésards, avaient déjà participé à la maintenance et à l'évolution du logiciel, tandis que la majorité des récipiendaires du prix ne participaient plus activement à l'équipe de développement. Depuis, avec l'ouverture du développement à la communauté via GitHub, le nombre de contributeurs a encore augmenté, pour dépasser les 200, et le nombre de mainteneurs dépasse la trentaine. Alors que le sujet de la reconnaissance académique pour les activités de développement logiciel pose déjà question, il semble encore plus difficile d'y apporter une réponse dans le cas des activités de maintenance, très diverses et pas toujours scientifiques, effectuées par un nombre élargi de contributeurs académiques, à un logiciel de recherche déjà reconnu comme Coq. Le prix Science Ouverte du Logiciel de Recherche reçu en 2022 souligne les efforts renouvelés de l'équipe actuelle, mais la mise en valeur de cette reconnaissance officielle est elle-même un défi.
Théo Zimmermann, Maître de Conférence, Télécom Paris
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10h-10h30 : Réflexions nationales et internationales sur la prise en compte du logiciel dans les carrières en recherche
En fait, ces réflexions portent plus sur la volonté active de très nombreux acteurs de transformer l’évaluation des chercheurs en général, ce qui inclut la question du logiciel.
Partant de la déclaration DORA, nous verrons :
- comment le CNRS, armé de sa feuille de route pour la science ouverte, s’en est en emparé pour faire évoluer le Comité National, puis
- comment, au niveau national, se construit une coordination des établissements et organismes signataires de DORA, puis
- comment, sur un travail initié par la Commission Européenne et puissamment relayé par la France au cours de la Présidence Française de ce premier semestre est en train de se mettre en place une Coalition internationale dont l’ambition est de transformer radicalement et surtout de manière coordonnée les critères et les méthodes d’évaluation de la recherche.
Serge Bauin, Ingénieur de recherche CNRS à la Direction des Données Ouvertes de la Recherche (DDOR) en charge de la réforme de l’évaluation
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10h30-11h : L'évaluation du logiciel à l'Inria
Nos expériences de participation à divers jurys de recrutement et de promotion à l'Inria ont conduit la Commission d'Évaluation de l'Institut à rédiger une note à destination des membres de ces jurys, pour les aider dans leur évaluation des logiciels développés par les chercheurs : https://hal.inria.fr/hal-03110723/document. Nous incitons par exemple les jurys à être attentifs au rôle joué par le développement logiciel dans la recherche des candidats, et à évaluer le logiciel comme toute autre activité de recherche, en se fondant en premier lieu sur l'examen du code source.
Anne Canteaut, Directrice de recherche INRIA, Présidente de la Commission d'Evaluation d'Inria
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11h-11h30 : Pause
11h30-12h : La reconnaissance des contributions ouvertes, communautaires ou transverses : enjeux et pistes d'amélioration
L'utilisation de ressources libre ou ouvertes, développées ou élaborées dans un cadre communautaire, est aujourd'hui incontournable - Pourrait-on se passer de Linux, Jupyter lab, LaTeX, des polices de caractères Roboto ou Lato ...ou encore de Guix ?
Derrière toutes ces ressources se cachent des développeurs, des contributeurs ...ou des typographes.
La reconnaissance des contributions communautaires, au sein de nos carrières académiques, est un problème complexe. Les intérêts de la communauté, du laboratoire ou de la personne peuvent être difficiles à concilier, les outils d'évaluation pas toujours adaptés et l'expression elle-même de cette reconnaissance, devenir un art dont la perception n'est pas toujours en phase avec nos sensibilités...
Jean-Luc Parouty, Ingénieur de Recherche CNRS au SIMAP, membre du comité de pilotage du réseau DevLog
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12h00-12h45 : Table ronde - l'évaluation de l’activité de développement logiciel dans les carrières
Animation : Konrad Hinsen, chercheur CNRS au Centre de Biophysique Moléculaire d'Orléans et chercheur associé au synchroton SOLEIL
- Serge Bauin, Ingénieur de recherche CNRS à la DDOR (Direction des Données Ouvertes de la Recherche) en charge de la réforme de l’évaluation
- Anne Canteaut, Directrice de recherche INRIA, Présidente de la Commission d'Evaluation d'Inria
- Jean-Luc Parouty, Ingénieur de Recherche CNRS au SIMAP, membre du comité de pilotage du réseau DevLog
- Théo Zimmermann, Maître de Conférence, Télécom Paris
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12h45-14h15 : Pause - Buffet
Session de l'après midi, chairman Lucie Albaret (BAPSO - UGA)
14h15-15h00 : Objectif calcul ouvert
La science ouverte veut que les résultats de la recherche soient accessibles et vérifiables par tout le monde. Elle veut aussi qu'ils puissent servir comme point de départ pour d'autres explorations, ce qui implique la fiabilité et l'intelligibilité. Ces caractéristiques sont en conflit avec les traditions du développement logiciel, qui sont plutôt adaptées au monde industriel. Je vais tenter de tracer le chemin vers le calcul scientifique ouvert, sur lequel l'Open Source et la recherche reproductible ne sont que les premiers pas.
Konrad Hinsen, chercheur CNRS au Centre de Biophysique Moléculaire d'Orléans et chercheur associé au synchroton SOLEIL
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15h00-17h00 : Tutoriaux (en parallèle)
- GitLab, Tour d’horizon et première prise en main
Après une introduction expliquant les intérêts et les limites de l’utilisation d’une plateforme telle que GitLab, nous ferons une revue des différents outils proposés pour le développement et la diffusion de logiciels. Ensuite, nous apprendrons à créer un groupe puis un projet de développement que nous ferons évoluer, afin d’apprendre, par la pratique, le fonctionnement de la plateforme.
Pierre-Antoine Bouttier, Ingénieur de Recherche CNRS à GRICAD
Franck Pérignon, Ingénieur de recherche CNRS, LJK
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Déploiement reproductible des logiciels scientifiques avec GNU Guix
Un des piliers de la science ouverte est la garantie de résultats de recherche vérifiables. Ceci ne peut s’obtenir qu’avec la publication du code source et des données impliquées, mais cette condition n’est pas suffisante : encore faut-il être capable de redéployer et de relancer les logiciels qui ont produit ces résultats.
Dans ces travaux pratiques, nous verrons en quoi l’outil GNU Guix aide au redéploiement à l’identique d’environnements logiciels et à la traçabilité. Nous commencerons par prendre en main les fonctionnalités de « gestion de paquets » de Guix pour se pencher ensuite sur la gestion d’environnements. Enfin, nous verrons comment capturer précisément l’environnement utilisé pour plus tard, ou sur une autre machine, être capable de « voyager » dans le temps pour le restaurer.
Ludovic Courtès, Ingénieur de Recherche, Inria Bordeaux Sud-Ouest
Konrad Hinsen, chercheur CNRS au Centre de Biophysique Moléculaire d'Orléans et chercheur associé au synchroton SOLEIL
Simon Tournier, Ingénieur de Recherche, Université Paris Cité
Dépôt Git, Support pour l'introduction, Exercices
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À la découverte de l'écosystème Jupyter et des carnets numériques
Jupyter est un écosystème riche de logiciels libres, de standards et de services web pour le calcul et l’analyse de données interactif, développé par une large communauté internationale. Du fait de son interopérabilité – notamment avec Julia, Python, R, C++ et une centaine d’autres langages – et sa polyvalence, Jupyter connaît depuis 2014 une adoption massive, tant dans le milieu académique pour l’enseignement et la recherche dans tous les domaines des mathématiques aux SHS, que dans l’industrie ou les institutions comme l’INSEE ou la Banque Mondiale. On notera également que la plupart des fournisseurs de cloud proposent une offre de service Jupyter pour l’analyse de données.
L’application phare de Jupyter est le carnet numérique (notebook), une interface d’édition de documents riches entremêlant narration, interaction, visualisation, calcul et programmation, avec de nombreuses extensions permettant de réaliser des livres, des diapos, des tableaux de bord, des mini-applications web interactives, etc. Comme leurs autres avatars (Rmarkdown notamment), ces carnets numériques sont un outil de choix dans une démarche de science ouverte et de reproductibilité car ils permettent de documenter complètement un procédé numérique (traitement de données, calcul, etc.). L’écosystème Jupyter fournit en outre une collection de services facilitant la publication de tels carnets, avec des initiatives comme Notebook Now!, pour mener à une chaîne complète de publication basée sur les carnets numériques.
Dans ce tutoriel, nous brosserons rapidement le paysage de l’écosystème Jupyter. Vous explorerez ensuite, à votre rythme, une collection de carnets couvrant des cas d’usage variés. Enfin nous discuterons de l’usage raisonné des carnets numériques pour la science ouverte.
Pour participer, vous aurez besoin d’un ordinateur portable équipé d’un navigateur internet récent (par exemple Mozilla Firefox ou Chrome) et connecté au réseau internet.
Sylvain Corlay, QuantStack, NumFOCUS, Project Jupyter
Pierre Poulain, Maître de Conférence, Institut Jacques Monod, Université Paris Cité
Nicolas Thiery, Professeur au Laboratoire de Recherche en Informatique à l'Université Paris Saclay
https://tutoriels-jupyter.pages.in2p3.fr/2022-12-14-OSD-UGA
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Software Heritage et HAL : référencement de codes
Les codes développés dans les laboratoires de recherche sont des productions scientifiques au même niveau d'intérêt que les publications et les données. Leur référencement, afin de permettre leur visibilité, leur citation et leur archivage en particulier, est donc essentiel pour assurer le continuum entre toutes ces productions.
L'objectif de ce tutoriel est de présenter concrètement comment effectuer le référencement d'un logiciel grâce aux deux piliers que sont les infrastructures Software Heritage et HAL.
Lucie Albaret, Alexis Arnaud, Violaine Louvet, Maria-Grazia Santangelo, Cellule Data Grenoble Alpes
Florent Chuffart, IAB, INSERM
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Présence du stand de ModLibre autour des logiciels scientifiques libres
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